מידי שנה עמותת איל"ן בשיתוף עם הסוכנות היהודית, מעניקות מלגות להשכלה גבוהה לסטודנטים וסטודנטיות עם מוגבלויות, במטרה לסייע להם לרכוש השכלה גבוהה, וכחלק משילובם המלא בחברה.
במסגרת מפעל מלגות זה ניתנות מלגות לסטודנטים וסטודנטיות עם שיתוק מוחין, שמוענקות מקרן פאולינה וד"ר אברהם ברגמן ז"ל.
כמו כן, ניתנות מלגות לסטודנטים עם מוגבלות פיזית שאינה שיתוק מוחין, שמוענקות מקרן המלגות ע"ש סאם ורות' לי ז"ל.
המלגות מוענקות במטרה לקדם את בוגרי איל"ן ולאפשר להם השלמת תואר אקדמי, במוסדות המוכרים על ידי המועצה להשכלה גבוהה.
